Você provavelmente já deve ter uma parte de seu feita, como ter adicionado o comportamento de plataforma ao seu personagem, então vamos seguir:
Como fazer água no seu jogo de plataforma
Crie um tiled background (com nome "Água" ou "Water"para ficar mais fácil) totalmente preenchido com as seguintes cores no tamanho de 32px x 32px (recomendado):
Depois vá à event sheet e adicione um evento:
Add event > (Seu personagem) > Is over laping another object > "Água" ou "Water" (de acordo com o nome que você colocou) > Add Action > System > Set object time scale > (Seu personagem) > "0.5" > Add action > (Seu personagem) > Set jump strength > 330 (de preferencia).
Adicione outro evento:
Add event > System > Else > Add Action > (Seu personagem) > Set jump strength > 650
Copie a ação: "Set object time scale" em evento evento criado anteriormente e modifique o valor 0.5 para 1.0.
Pronto! Mas lembre-se, isso fará o seu personagem pular mais baixo e para ele sair da água, dependendo das circunstanscias, é melhor colocar degraus, rampas, o ultilizar o "wall jump" (visite o meu tutorial de como cria-lo: scirra.com/tutorials/975/como-fazer-o-personagem-dar-um-wall-jump )